У гидроэлектростанций есть еще недостаток, оказывающее непосредственное влияние на гидросферу и биосферу. Это нерегулируемые спуски воды из водохранилища ГЭС на несколько дней (обычно на 10-20 дней). В результате этих нерегулируемых, бесконтрольных спусков воды в реку в пойме реки и окружающем районе могут произойти неблагоприятные экологические изменения. Неблагоприятные изменения, вызванные эксплуатацией гидроэлектростанции, могут касаться и гидросферы, и биосферы, и литосферы (почвы).

Во-первых, может произойти загрязнение всего русла реки. Загрязнение русла произойдет, так как вода в водохранилищах может оказаться достаточно грязной, застойной. И эта грязная, застойная вода в результате спуска в русло смешивается с речной водой и загрязняет ее.

Во-вторых, из –за спуска воды из водохранилищ может произойти изменение или сокращение пишевой цепи в реке и пойме. В результате изменения пищевой цепи могут пострадать отдельные виды животных, рыб, птиц. И, как следствие, может сократиться численность и отдельных видов рыб, и отдельных видов птиц, насекомых, ракообразных. Кроме того, может сильно увеличиться численность некоторых видов гнуса (мошек), может измениться их поведение.

Нерегулируемый спуск воды в реку может сильно ударить по птицам – ведь в результате затопления огромных территорий могут изчезнуть места гнездования некоторых видов перелетных птиц. Кроме того, может значительно уменьшиться фитомасса реки и поймы.

Еще одно неблагоприятное изменение – из-за неконтролируемого спуска реки увлажнение почв в пойме может происходить нерегулярно и недостаточно, циклами.